实验结束后应该对操作台面，仪器，实验用具及环境进行清洁，这对污染的控制尤为重要。
1、实验后所有的试剂按照要求进行存放，废料和废液及时清理，避免存放过多和过久，废液缸用有效氯含量为2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
2、离心管架、试管架等可重复使用的物品浸泡到500mg/L 的消毒液中过夜，第二天用清水清洗后晾干使用；
3、对各区的生物安全柜、洁净工作台先用75%酒精或者500mg/L 的消毒液擦拭后采用紫外灯进行消毒处理；
4、配制含有效氯500mg/L的消毒液对设备表面、台面、地面、物品表面、传递窗内及门窗进行擦拭，再用纯化水对设备表面、台面、进行擦拭，避免消毒液对实验器具的腐蚀，仪器如核酸提取仪采用内部紫外消毒程序进行照射；
5、操作台面使用移动紫外消毒车近距离辐照1小时，应使灯管距离工作区的距离在60-90cm；实验室内则使用室内紫外灯整晚辐照。
PCR实验室中的气溶胶污染来源于两个过程：样本制备过程和PCR扩增过程。
在样本制备过程中，样本液体面与空气摩擦就可形成气溶胶，在操作时比较剧烈地摇动反应管、开盖时、吸样时及加样器的反复吸样都可能形成气溶胶而污染；PCR扩增过程可以引起实验室中扩增产物的累积，通常一次典型的PCR扩增可以产生109拷贝的靶序列，如果气溶胶化，甚至的气溶胶都会含有106拷贝的扩增产物。
如果不加以控制，在短期内累积的气溶胶化扩增产物就会污染实验室中的试剂、仪器设备和通风系统，造成严重的实验室污染，导致检验样本出现假阳性结果，使临床做出错误的判断和决策，进而引发后续一系列的事故和恐慌。
临床基因扩增检验实验室需要依据《机构临床基因扩增检验实验室管理办法》、《实验室生物安全通用要求》、《生物安全实验室建筑技术规范》等相关规定进行规划建设。
1、二级生物安全实验室的装修
根据《人间的病原微生物名录》，PCR实验室所操作致病性生物因子大多属于第二类病原微生物，实验活动所需生物安全实验室级别的生物危害等级为BSL-2。列举装修要点如下：
1、实验室墙壁、顶板和地板应当光滑、易清洁、防渗漏并耐化学品和消毒剂的腐蚀。地面应防滑，不得在实验室内铺设地毯和悬挂窗帘。实验室的墙体，包括顶棚，应结构牢固、气密性好、所有阴角采用圆弧形线条过渡；墙体内壁光洁、不吸附、耐腐蚀、易清洗消毒；墙体和吊顶建议使用彩钢板。
2、地面材料应满足无缝隙、无渗漏、光洁、耐腐蚀的要求。
3、灯具要选用净化灯具，能达到便于清洗、不积尘的特点。实验室应设应急照明装置，同时考虑合适的安装位置，以保证人员安全离开实验室。
4、有可靠的电力供应和应急照明。每个房间必须装有紫外线杀菌灯，杀菌灯的安装高度在1.8～2.1m之间。
5、传递窗内部安装有紫外灯，供消毒用。
6、应配备足够的固定电源插座，避免多台设备使用共同的电源插座。应有可靠的接地系统，应在关键节点安装漏电保护装置或监测报警装置。
7、实验室台(桌)柜和座椅等应稳固和坚固，边角应圆滑。实验台面应防水，并能耐受热、、酸碱、消毒剂及其他化学剂。一般采用环氧树脂台面。
8、实验台中的橱柜和实验台应牢固，实验台、柜和其他设备之间应保持一定距离，以便清洁。
9、实验室门为净化门，应有可视窗并带自动闭门器，实验室的门与门不能相对开启，必须错位开启。并达到适当的防火等级，门锁及门的开启方向应不妨碍室内人员逃生。
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